На примере GUI.for.SingBox, в других клиентах лишь немного отличаются названия:

• Proxy (отключены оба переключателя) - обычный локальный прокси, захватывает только те соединения что будут в него вручную отправлены (например через настройки браузера или Telegram)
• System Proxy - прописывается как прокси в систему, захватывает трафик приложений которые используют эту настройку (например Discord или браузеры)
• TUN - создает виртуальный сетевой интерфейс, захватывает весь трафик с машины (подходит в случаях если приложение не хочет добровольно использовать прокси)