При включении режима системного прокси клиенты прописывают локальный прокси в настройки Windows. При правильном отключении/выходе из клиента она удаляется, но если он завершится нештатно настройка останется, что может мешать работе приложений использующих её.

Для исправления в такой ситуации нужно удалить её вручную. Ниже описывается как это сдеалать.